El conflicto en Bacalar involucra denuncias por la posible destrucción del ecosistema de la Laguna de Bacalar, conocida como la “Laguna de los Siete Colores”. Greenpeace y varios colectivos ambientalistas, junto con habitantes de la zona, han iniciado una denuncia popular contra la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) por los trabajos de construcción y dragado que se están llevando a cabo. Estos trabajos, que comenzaron el 15 de enero de este año, incluyen el relleno y la alteración de la morfología de la laguna, lo que podría tener consecuencias graves para su biodiversidad y salud ambiental.
Los denunciantes argumentan que ni la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (Profepa) ni la Secretaría de Medio Ambiente (Semarnat) han intervenido para frenar la obra, a pesar de que se han presentado alertas sobre su posible impacto negativo. Greenpeace ha señalado que no hay evidencia de que la construcción cuente con la autorización ambiental necesaria, lo que podría contravenir la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente (LGEEPA).
La comunidad también ha llevado a cabo protestas pacíficas, como la clausura simbólica de la obra, que indican un fuerte rechazo local a las actividades que podrían amenazar el patrimonio natural y cultural de la región, incluido el Fuerte de San Felipe. El riesgo de alteración en el ecosistema y los efectos sobre un sitio histórico han motivado a los pobladores y organizaciones a actuar para intentar detener estos trabajos.