En 2025, la empresa de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) que opera el Tren Maya no logró alcanzar el equilibrio financiero. Sus ingresos propios fueron de 542 millones de pesos, lo que significó un 20% menos de lo presupuestado, muy por debajo de los 871 millones de pesos que tenía que destinar a la nómina y de los 4 mil 810 millones de pesos en total que requería para sus operaciones.
El Grupo Aeroportuario, Ferroviario, de Servicios Auxiliares Olmeca-Maya-Mexica (GAFSACOMM), que agrupa diversos negocios militares impulsados durante la administración de Andrés Manuel López Obrador, enfrentó una situación análoga. Sus ingresos propios ascendieron a 4 mil 24 millones de pesos, insuficientes para cubrir sus erogaciones de 6 mil 674 millones de pesos.
Para enfrentar estas dificultades, el gobierno de Claudia Sheinbaum otorgó subsidios significativos: mil 674 millones de pesos al Tren Maya y mil 758 millones de pesos a GAFSACOMM. Además, se recurrió a recursos del Fideicomiso de Administración y Pago 108697, manejado por la Sedena; el Tren Maya obtuvo 2 mil 659 millones de pesos y GAFSACOMM 828 millones de pesos.
Según el informe de auditoría externa de Tren Maya, S.A. de C.V., elaborado por el despacho Forvis Mazars, los gastos de operación del proyecto emblemático del gobierno comenzaron a dispararse, aumentando de 2 mil 837 millones de pesos en 2024 a 4 mil 810 millones de pesos en 2025. Las erogaciones en nómina casi se duplicaron, subiendo de 471 millones a 870 millones 845 mil pesos, mientras que los gastos en servicios generales, que abarcan seguros, mantenimiento de trenes e infraestructura, así como asesorías y limpieza, pasaron de mil 902 millones de pesos a 3 mil 124 millones de pesos.
El informe de GAFSACOMM detalla que la mayor parte de sus ingresos proviene de la renta de espacios comerciales en aeropuertos, la venta de turbosina, y gasolina en las gasolineras que controla la Sedena. Sin embargo, el sector hotelero, que costó 10 mil 964 millones de pesos en recursos públicos, solo generó 153 millones de pesos en 2025, siendo apenas 83 millones de pesos provenientes de la renta de habitaciones.