El 1 de junio de 2025, el Instituto Nacional Electoral (INE) de México informó que la elección judicial se llevó a cabo "con normalidad", a pesar de registrar un total de mil 770 incidentes en las casillas, con 16 casillas no instaladas y 50 suspendidas definitivamente. Según el informe de la Secretaría Ejecutiva del INE, los principales incidentes incluyeron interferencias en la votación, cambios de lugar de las casillas, ausencias de funcionarios, condiciones climatológicas adversas y la presencia de propaganda electoral en las casillas.
Los estados más afectados, donde se suspendieron las casillas, incluían Chiapas, Hidalgo, Michoacán, Oaxaca, Yucatán y Zacatecas, debido a riesgos de violencia, mientras que en San Luis Potosí, Estado de México, Puebla y Quintana Roo las suspensiones fueron provocadas por contingencias climáticas. Hasta el mediodía del domingo, el INE había registrado mil 041 incidentes y pudo resolver 856 de ellos de manera eficiente. La situación fue crítica en algunos municipios de Chiapas y en zonas de Michoacán y Sinaloa, donde se habían producido actos de violencia en días previos a la elección.