El nombramiento de Hugo Aguilar Ortiz como presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Nación ha generado una considerable controversia entre las comunidades indígenas, a pesar de ser un momento histórico al ser el segundo indígena en ocupar este cargo. Aunque existe un reconocimiento de su trayectoria como defensor de los pueblos indígenas, muchos críticos señalan que su trabajo dentro del gobierno ha estado vinculado a la imposición de megaproyectos que afectan negativamente a estas comunidades.
Activistas de diversas regiones, como Morelos, Oaxaca y la Península de Yucatán, han expresado su desconfianza hacia Aguilar, argumentando que su papel en la legitimación de proyectos como el Corredor Interoceánico y el Tren Maya ha contribuido al despojo de tierras y a la violación de derechos. Joaquín Galván y Mario Quintero, entre otros, han señalado que las consultas realizadas sobre estos megaproyectos no se llevaron a cabo de manera adecuada, lo que ha llevado a una percepción de traición hacia los intereses indígenas.
Además, se ha mencionado que Aguilar debería cumplir con la deuda moral y política que tiene con las comunidades, especialmente en el contexto de la sentencia ganada por la comunidad zoque en la disputa por los territorios de la reserva de los Chimalapas. También hay acusaciones serias sobre su administración en el INPI, incluido un señalamiento de intento de soborno para silenciar denuncias sobre acoso sexual dentro de la institución.
Esto plantea un dilema complejo, ya que mientras algunos ven el ascenso de Aguilar como una oportunidad para que los pueblos indígenas tengan voz en la justicia, otros temen que su trayectoria y decisiones pasadas comprometan su capacidad para defender verdaderamente los intereses indígenas en su nuevo papel.