El Partido Acción Nacional (PAN) ha cedido el control de varias áreas dentro del Poder Legislativo en Querétaro a Morena y sus aliados, debido a la nueva mayoría que estos últimos impusieron. A pesar de que Morena designó a la totalidad de la mesa directiva, el PAN logró negociar la inclusión de dos de sus miembros en dicha mesa. El acuerdo para una mesa "plural" implicó que Morena exigió cambios en la dirección de ciertas áreas del Legislativo y la eliminación de bloqueos a iniciativas.
Como parte del acuerdo, el PAN mantuvo a dos integrantes en la mesa directiva, pero cedió el control de áreas clave como Investigación y Estadística Legislativa, Comunicación Social, así como de la unidad de Transparencia. Esto se enmarca en un contexto donde en el último proceso electoral, Morena y sus aliados (el Partido Verde Ecologista y el Partido del Trabajo) lograron obtener 14 de las 25 curules del Congreso de Querétaro.
Cabe mencionar que en la legislatura anterior, que estaba bajo control del PAN y sus aliados del PRI y el partido local "Querétaro Independiente", se modificó la Ley Orgánica del Poder Legislativo para establecer que la designación y remoción de los titulares de las dependencias debía ser aprobada por una mayoría calificada de 17 votos, en lugar de la mayoría simple de 13 votos que se requería anteriormente. Este cambio legislativo ha influido en la actual dinámica del poder en el Congreso estatal.