La jornada electoral del 1 de junio en la Ciudad de México se desarrolló de manera generalizada sin incidentes significativos, según la Fiscalía Especializada para la Atención de los Delitos Electorales (FEPADE). Durante el proceso, se registraron 19 denuncias sobre situaciones que fueron clasificadas como "menores". Estas denuncias fueron recibidas a través de diversos canales: ocho por teléfono, ocho por correo electrónico y tres mediante comparecencias presenciales, y abarcaron diferentes alcaldías como Álvaro Obregón, Coyoacán, Cuauhtémoc, entre otras.
La FEPADE llevó a cabo un operativo junto con la Secretaría de Seguridad Ciudadana para asegurar un seguimiento efectivo tanto en terreno como mediante monitoreo remoto durante la jornada electoral. Además de la elección del Poder Judicial de la Federación, los votantes también seleccionaron a jueces y magistrados del Tribunal Superior de Justicia de la Ciudad de México, así como a magistrados del Tribunal de Disciplina Judicial. Para facilitar el proceso electoral, el Instituto Electoral de la Ciudad de México (IECM) había asignado a los candidatos a realizar campaña en dos o tres alcaldías específicas, aunque sus decisiones judiciales afectarán a toda la capital.