Las denuncias sobre el dragado de la Laguna de Cuyutlán en el contexto del proyecto de Puerto Nuevo Manzanillo revelan preocupaciones significativas de grupos ambientalistas y defensores del patrimonio cultural. Según la asociación Defensores del Medio Ambiente y Recursos del Mañana (Demarem) y el movimiento Salvemos Cuyutlán, los trabajos de dragado han comenzado sin la autorización previa de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat), lo que viola el principio precautorio y la normativa establecida en la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente.
Los activistas también han señalado la omisión de un análisis del patrimonio cultural en la zona, especialmente en Isla Cocodrilos, donde se han encontrado restos prehispánicos. Esta falta de un estudio arqueológico adecuado es considerada una violación grave a la Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos, ya que impide al Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) cumplir con su responsabilidad de proteger el patrimonio cultural. Los defensores del ambiente advierten que cualquier vestigio cultural en esa isla podría ser irremediablemente destruido.
La situación plantea serias interrogantes sobre la sostenibilidad del proyecto y el impacto que podría tener en la ecología local y en la preservación del patrimonio cultural, lo que resalta la necesidad de una evaluación adecuada y cumplimiento de las regulaciones ambientales y culturales antes de avanzar con la obra.